フォローインポートは、アカウントの移行(引っ越し機能)を用いてアカウント統合やサーバ移転したあとに実行するのが一番自然な利用タイミングで、元々相互フォローだった人を引っ越しでフォロワーとして連れてきて、インポートでこちらからもフォローする。こちらからのフォロー分は、フォロワーの顔ぶれなどをみて、知ってる人だとわかれば、大抵は承認してくれると思います。
どこかから持ってきたフォローリストを使って、不自然なフォローを行うと、承認拒否されたりブロックされたりします。
用法・用量を守って正しくお使いください、という機能です。
サーバとしても、フォローAPIを何度も呼ばれるより、一括の方が効率的に実行できます。
ちなみに似たようなものに、古い投稿の削除機能があります。フォローと同じように、個別に削除を延々と実行されるより、機能として実装した方が効率的に実行できるため、搭載された機能の一つです。